Kıbrıs’ta Kilise denilince akla ilk önce başpiskoposluk gelir. Adadaki Ortodoksların ilk ve en güçlü dini kurumu olan başpiskoposluğun tarihten günümüze ulaşan dini, siyasi, sosyal ve iktisadi gücü bulunmaktadır. Öyle ki adadaki Ortodoks nüfus, varlığını ve siyasi bir kimlik kazanmasını bu kuruma borçludur.
Osmanlı hâkimiyetinden bağımsız Kıbrıs Cumhuriyeti’ne geçen evrede, Kıbrıs Başpiskoposluğu Ortodoks nüfusun resmi temsilciliğini ifa eden tek kurumdu. Bu yüzden Başpiskopos Makarios Cumhurbaşkanı olduğu yıllarda, hiçbir zaman dini kıyafetlerini üzerinden atmadı. Çünkü o aynı zamanda kilisenin başı sıfatıyla adanın Ortodoks halkını temsil ediyordu ve bu tarihi bir hakkın devamıydı. Tabi işin bir de siyasi yönü vardı. Uluslararası politikanın çalkantılı ortamında Kıbrıs’taki devlet yapılanmasının akıbeti henüz netlik kazanmamıştı. 1960 yılında kurulan devlet, Kıbrıs’taki Ortodoksları, doğal olarak Rumları, temsil kudretine erişip kurumsallaşınca, Kilise de tarihi temsil misyonunu tamamlamış oldu. Ancak yine de Ulusal Konsey’in doğal üyesi konumundaki Kilisenin, Güney Kıbrıs’ta etkin bir siyasi güce sahip olduğu, inkâr edilemez bir olgudur.
Ortodoks Başpiskoposluğu tıpkı Rum Yönetimi gibi adanın tamamında yetkili tek kurum olarak kendini görüyor. Buna istinaden adanın kuzeyindeki dini oluşumları ve dini ayinleri de yakından takip ediyor. Ayrıca kendisinin haricinde hiçbir Ortodoks kilisesinin kuzeyde kurulmasına, dini ayinler yapmasına veya herhangi bir cemaat oluşturmasına, elindeki yetkiler ve imkânlar dâhilinde müsaade etmiyor. Çünkü böyle bir vaziyet hem kilisenin tek vücutta topladığı otoritesini tehdit eder hem de Kuzey Kıbrıs’a meşruiyet kazandırır.
Kuzey Kıbrıs’ta Rum Ortodoks Başpiskoposluğuna ait kiliseler bulunmasına rağmen bunlar üzerindeki etkisi sözden ibarettir. Başpiskoposluğun, kuzeydeki kiliseler ve dini mekânlar üzerinde icrai bir yetki kullanabilmesi, KKTC’nin iznine tabidir. Dolayısıyla ortada görünür şekilde dini bir otorite boşluğu söz konusudur. İşte bu otorite boşluğunu Rusların doldurma niyetine girdiği görülüyor. Hatırlanacağı üzere, “Büyük Güçler ve Kıbrıs” adlı yazımda Kuzey Kıbrıs’ta Rusların artan gücünden ve nüfusundan bahsetmiştim.
Kuzey Kıbrıs’ta Rus Kilisesine bağlı cemaatler oluşturulması Rumların siyasi ve dini temsilcilerini ziyadesiyle rahatsız eder. Her ne kadar Rus yetkililer Kuzey Kıbrıs’ta ayinleri gerçekleştiren Rus papazın Rus Ortodoks Patrikliğine bağlı bir din adamı olmadığını resmi düzeyde açıklamış olsa da, bu açıklamalar Rum yetkililerin yüreğini soğutmaya yetmedi. Kıbrıs Rum Başpiskoposu II. Hrisostomos’a göre bu tehlikenin tamamen ortadan kalkması için Girne’deki kilisenin ibadete kapatılması ve adanın kuzeyinde yaşayan tüm Rusların Kuzey Kıbrıs’tan ayrılması gerekiyor.
Kıbrıs Ortodoks Başpiskoposluğunun Ukrayna Ortodoks Kilisesi’nin bağımsızlık kararına destek çıktığı göz önüne alındığında, Rusya’nın bu desteğe karşı bir misilleme içerisinde olduğu düşünülebilir. Rusya kanadından basına yansıyan resmi açıklamalar, Kıbrıs Ortodoks Kilisesi’nin yargı ve yetki alanına saygı gösterildiğini, bu nedenle Kuzey Kıbrıs’ta faaliyet gösteren Ortodoks Kilisesi’nin, Rus Ortodoks Kilisesi ile hiçbir bağının olmadığını açıkça ifade etse de fiili durumun yarattığı kavganın büyüyerek devam edeceği ortadadır.